Jelita to także główny organ układu nerwowego. Komórki nabłonka jelit otacza ogromna liczba ponad 100 mln neuronów. To tutaj mikrobiota jelitowa wywiera wpływ na sygnalizację w tzw. osi jelita − mózg. Badania potwierdzają: aż 95% serotoniny pochodzi z jelita, a prawidłowa ilość tego neuroprzekaźnika ma ogromne zna­czenie dla naszego dobrostanu psychicznego. Warto nadmienić, że zwiększa się liczba opracowań naukowych potwierdzających rolę prawidłowego funkcjonowania jelit i bariery jelitowej w patogenezie zaburzeń ze spektrum autyzmu (ASD).