Mikrobiota wspiera pracę przewodu pokarmowego: reguluje perystaltykę jelit, wpływa na trawienie i przyswajanie składników odżywczych, bierze udział w wytwarzaniu witamin z grupy B i K. Mikrobiota wpływa na metabolizm kwasów żółciowych oraz prawi­dłowość procesów fermentacyjnych zachodzących w jelicie grubym, wspiera procesy detoksykacji.